２要素認証（Eメール＋電話認証）を設定しない場合、契約は無効になりますか

契約先の認証方法による違いで、契約が無効になることはありません。
２要素認証は、メールアドレスと電話番号の２つの異なる要素で本人認証が完了していることで、「なりすましではない、本人であること（本人性）」の根拠をより高めるものです。