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契約者情報の入力画面にある担当者名の個所に、入力作業を行っている担当者名ではなく、会社の代表取締役名を入れようと思いますが、問題ありませんか

会社の規模等にもよりますが、契約締結の場合、代表取締役名義で締結するのが一般的です。
この場合、代表取締役の方から、今回の契約について入力作業を行っている担当者に対し、代表取締役の名義で締結することについて了解があり、かつ、契約締結のための権限が担当者に付与されているのであれば、入力作業を行っている担当者の方が代表取締役の方のお名前を入力して締結するということで問題ないものと思われます。

なお、必要な場合には、相手方当事者や弁護士等の専門家とご相談いただきますようお願いいたします。