書類をスキャナ保存したら、原本の紙書類は破棄できますか

紙書類の内容により判断することを推奨します。
2022年1月改正の電子帳簿保存法では要件を満たした保存を行なった後であれば破棄しても問題ないとしていますが、裁判の際に証拠として契約書などの提出を行う場合は書類の原本が必要であり、書面で受け取ったものの場合は紙書類が原本となります。

参考：国税庁『電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】』　I 通則【制度の概要等】問3